市供销合作总社的组织架构为社员代表大会、理事会、监事会。全市供销合作社社员代表大会为市供销合作总社的权力机构，理事会为全市供销合作社社员代表大会闭会期间的执行机构，监事会为全市供销合作社社员代表大会闭会期间的监督机构，理事会和监事会由社员代表大会选举产生，监事会和理事会是监督和被监督的关系。
（一）社员代表大会
全市供销合作社社员代表大会的职权为:审议和批准市总社理事会工作报告;审议和批准市总社监事会工作报告;审议和通过代表大会的各项决议;选举或罢免出席省、泰州市供销合作社代表大会代表;通过或修改市总社章程;选举市总社理事会理事、监事会监事;讨论并决定其他重大事项。全市供销合作社社员代表大会每五年举行一次。
（二）理事会
市供销合作总社理事会对全市供销合作社社员代表大会负责并报告工作。市供销合作总社理事会设5个正股级内设机构。
1、办公室
协助市总社领导处理日常工作;拟订市总社主要工作计划、工作制度;负责市总社重要会议、重要活动的组织、承办和综合协调工作;负责市总社综合文字、机关公文的起草、审核和管理工作;负责市总社新闻宣传、政(社)务信息和对外新闻发布工作;负责市总社行政印章保管、使用、管理工作;负责市总社档案管理、机要保密工作;负责系统来信来访工作及市人大代表建议、市政协委员提案的办理工作;负责机关接待、安全及后勤服务保障工作;负责市总社机关日常工作的协调督办和考勤管理工作。联系电话：0523-87633437。
2、人事科
协助做好系统党建工作;负责机关机构编制、人事管理、教育培训、劳动工资等工作;指导直属单位人力资源管理工作;指导直属单位和控股企业领导班子建设和管理工作;负责专业技术人员的职称评定、职业技能鉴定工作;负责系统工、青、妇等群团工作;负责老干部工作。联系电话：0523-80223922。
3、财务审计科（挂财务结算中心牌子）
负责市总社预决算资金的编制和预算执行管理;负责编报系统财务会计报表，编写财务分析、预测经营发展趋势；指导系统财务、会计、审计工作和经营绩效评价、考核工作；指导督查直属单位的财务工作;负责市总社全资、控股企业单位年度审计和领导离任审计及其他专项审计;负责对直属单位资产审计监督和重大财务收支、经济效益的审计调查；指导系统财会、内部审计和财务审计人员培训工作;组织系统“新网工程”及供销合作社改革发展专项资金申报和评审考核;负责市总社主管协会、学会等社团组织的财务监管和审计监督工作；承担机关日常财务管理工作。负责系统“双资”监管单位的资金使用、财务结算、记账工作。联系电话：0523-80223921。
4、合作指导科
负责拟订系统合作事业发展规划，协调相关政策以及与政府部门、社会组织的关系;负责系统电子商务建设；组织指导新农村现代流通网络建设；负责推动系统开展土地托管，提出政策支持建议；负责指导系统合作社制度建设；负责指导全市合作经济组织建设工作；参与实施农村社会化服务体系建设，组织指导基层社、综合服务社建设，发展农民专业合作联合社、以农民为主体的综合性合作社、现代农业综合服务中心，发展农村合作金融服务；负责系统为农服务工作考核；负责系统经济指标的统计、编制、申报工作；负责系统农产品市场建设及产销对接、农产品经纪人队伍建设、防汛抗旱、扶贫开发、普法等工作；组织指导合作社文化建设，负责中国供销合作社标识统一推广使用和规范管理工作。联系电话：0523-80223923。
5、资产管理科（挂经济发展科、社有资产管理中心牌子）
拟订社有资产保值增值考核、激励和责任追究制度并负责监督落实；承担市级社有产权、股权和债券的管理工作；拟订社有资产重组、整合的指导意见；负责市级投资项目的可行性研究和论证；管理市级投资企业，推进现代企业制度建设；指导系统社有企业转型升级、创新发展工作。负责拟订系统发展规划及年度工作计划并组织实施；承担系统综合业绩考核工作；负责系统项目投资管理、质量安全、信息统计、经贸工作；负责市供销合作社主管社团的筹建与管理工作；指导本级企业安全生产工作；指导系统外事、外经、外贸、外资工作；指导全市供销合作社系统烟花爆竹的经营管理和安全监督管理，完善购销管理机制，做好统一归口经营工作；承担再生资源回收利用管理工作。负责建立健全社有资产台帐，做好社有资产管理工作。联系电话：0523-80223929。
（三）监事会
市供销合作总社监事会对全市供销合作社社员代表大会负责并报告工作。监事会负责监督理事会贯彻国家有关法律、法规和政策以及全市供销合作社代表大会决议的执行情况，监督理事会对市政府委托的各项工作任务的完成情况，推进社有资产优化配置，提高社有资产经营效益，确保社有资产的安全完整和保值增值，监督和维护供销合作社及其成员社的合法权益，指导、监督市总社机关和直属企业的内部审计工作。市供销合作总社监事会设1个正股级内设机构。
监事会办公室
承担市总社监事会的日常工作。负责组织监事会的调查研究，了解反映各级监事对理事会工作的意见和建议；会同有关部门监督检查社有资产保值增值情况；指导基层社监事会工作。联系电话：0523-80223850。